辦公室（財務審計科）。
負責機關日常運轉，承擔信息、宣傳、安全、保密、信訪、政務公開等工作；負責機關及所屬事業單位的干部人事、機構編制、隊伍建設、勞動工資、教育培訓、績效管理等工作；負責全市水利系統人才工作和職工隊伍建設；負責工會、婦聯、離退休干部工作；負責全市水利系統精神文明、作風效能建設工作；指導全市水利系統財務會計工作；研究提出有關水利的價格、收費、信貸、投入及籌資等方面的意見建議；負責編制水利系統部門預算并監督執行；負責全市水利各類資金的計劃、使用及監督管理；監督全市水利國有資產的管理工作；組織對全市水利系統進行內部審計工作，負責局機關的財務工作和所屬事業單位財務管理、內部審計和領導干部的任期經濟責任審計工作；指導水利經濟工作；承擔水利統計工作；指導三峽移民工作；貫徹落實三峽移民管理有關政策實施，指導監督三峽移民后期扶持政策的實施。
水資源管理科（政策法規科、行政服務科）。負責全市水資源統一管理、保護和監督工作；承擔實施最嚴格水資源管理制度相關工作；開展水資源有償使用工作；組織水資源承載能力監測預警工作；組織編制并發布全市水資源簡報；組織實施取水許可、水資源論證等制度；指導水量分配工作并監督實施，組織指導河道生態流量水量管理；組織編制水資源保護規劃，指導飲用水水源保護有關工作，按規定組織飲用水源地設置論證工作；負責地下水開發利用和地下水資源管理和保護，組織指導地下水超采區綜合治理；參與編制水功能區劃和指導入河排污口設置管理工作；指導水利行業供水、排水和再生水利用工作；指導雨洪資源利用的工程建設與管理；擬訂節約用水政策，組織編制并協調實施節約用水規劃，擬訂相關標準并監督實施；組織指導計劃用水、節約用水工作；組織實施用水總量、用水效率控制和定額管理制度；組織指導和推動全市節水型社會建設工作；承擔節水型城市創建有關工作；會同相關部門指導農業節水工作；組織全市水行政監督管理工作；負責法治水利建設和依法行政工作；承辦行政復議、行政訴訟和行政賠償工作；負責水利系統法治宣傳教育和普法宣傳工作；負責規范性文件的合法性審查、備案并監督實施；組織開展有關水利改革與發展的政策研究；負責涉水類行政服務和營商環境優化工作。
農村水利與水土保持科。負責大中型灌排工程建設與改造；負責農業水價綜合改革工作；牽頭負責農村地區水環境治理工作，推進農村河道整治工作；指導農村飲水安全、農村河道疏浚整治等工程建設管理工作，指導節水灌溉有關工作；指導農村水利社會化服務體系建設；負責全市水土流失綜合防治工作、暢通水系工作；擬定水土保持規劃和計劃并負責實施，負責水土流失監測、預報并公告；負責生產建設項目水土保持方案審批工作；擬定水利科技、水利信息化發展規劃并負責實施；負責水利科技項目和科技成果管理工作，組織水利科學技術研究、技術引進和技術推廣；組織實施水利行業技術標準、規程規范；負責水利科技和水利信息化工作；負責水利行業對外合作與交流工作。
工程管理科。擬訂全市水利發展規劃，組織編制區域水利綜合規劃、專業規劃、專項規劃并監督實施；擬訂市級水利固定資產投資計劃；組織指導有關防洪論證工作；組織實施省下達的水利建設投資計劃；指導全市水利基本建設管理工作，負責水利工程建設項目法人及招投標活動的監督管理和水利建設市場信用體系建設；督促檢查水利重大政策、決策部署和重要工作的貫徹落實情況；組織指導水旱災害防御和水量調度工作；組織編制洪水干旱災害防治規劃和防護標準并指導實施；承擔水情旱情監測研判預警工作；組織編制主要河道和重要水工程的防御洪水抗御旱災調度及應急水量調度方案，按程序報批并組織實施；
承擔臺風防御期間重要水工程調度工作；負責本市一級河道行政許可事項的審核和轉報；負責本市二級河道行政許可事項的審批工作；負責本市二級（含）以上河道水利工程設施、沿江堤防及岸線的管理、保護和綜合利用；負責市屬水利工程的運行管理；組織編制水利工程運行調度規程，指導泵站、堤防、水閘等水利工程的運行管理與確權劃界；指導城市防洪和水利工程的運行管理；組織編報沿江水利工程維修養護等項目計劃并監督實施；指導沿江防洪工程的安全鑒定、更新改造、除險加固工作；負責引江調水規劃的編制、實施等工作；指導河道采砂規劃和計劃的編制并監督實施；會同相關部門指導全市河道保護規劃編制工作。
安全生產監管科。牽頭擬定本部門、本行業落實安全生產責任制和相關法律法規的工作規劃；負責本部門、本行業安全生產綜合監管工作；組織開展本部門、本行業安全生產檢查和專項檢查，綜合協調本部門、本行業安全生產工作；組織實施本級水利工程建設質量和安全監督；參加工程階段驗收和竣工驗收；組織或參與本市水利安全生產事故、工程質量事故的調查處理，受理工程質量問題舉報。
河道綜合管護科。組織擬訂推行河長制工作制度，編制工作計劃和考核目標；向市級河長提出工作建議，落實市級河長確定的事項；指導鎮村級河道管理、保護；對河長制工作落實情況進行檢查、督查、考核；協調督導河長制工作重點事項和問題。