市政府辦公室設14個內設機構：
（一）秘書科
負責辦理上級黨委、政府及部門，外地，市各部門單位發送市政府和市政府辦公室的文電；負責人民來信的受理工作；負責市政府、市政府辦公室文件的繕印及分發；負責印鑒、檔案、資料和介紹信管理工作；負責機關機要工作和密碼通信保障；負責辦公室承辦的全市綜合性會議及國家、省、南通市綜合性電視電話會議的會務工作；負責或參與市政府、市政府辦公室重要會議的準備工作；承擔辦公室有關綜合文稿起草工作；負責市政府值班工作，指導全市政府系統值班值守，報送和處置突發事件、重要緊急情況；負責辦公室干部人事、機構編制、勞動工資、教育培訓、績效考核等工作；負責辦公室黨組落實全面從嚴治黨主體責任的服務保障工作，承擔辦公室黨組會議和專題活動的組織安排、相關文稿起草、議定事項督促落實；負責辦公室黨建、紀檢、宣傳、工青婦、老干部和文明創建、“陽光扶貧”等工作；負責辦公室內部辦公用房分配、公務用車調度、物資采購、財務管理、資產管理、公務（商務）接待等后勤保障工作。
（二）督辦科
負責上級黨委、政府和如皋市委、市政府重大決策部署，政府常務會議議定事項和市政府主要領導同志批示指示貫徹落實情況的督查督辦工作；負責市政府年度重點工作（含為民辦實事項目）的跟蹤督查和績效考評；負責市政府常務會議的會務和紀要起草工作；組織辦理南通和如皋市人大常委會、政協交辦的議案、提案及建議、批評、意見；負責市政府各部門單位和各鎮（區、街道）符合辦文規范的請示、報告的登記、處理，并及時反饋辦理情況。
（三）綜合調研科
根據市政府領導同志工作分工，負責辦理市政府主要領導同志分管范圍內的各項工作；負責市政府主要領導同志文電運轉、重要活動的協調聯絡工作；負責起草《政府工作報告》、市政府全體會議和全市綜合性會議市政府主要領導同志講話稿、市政府向上級報送的綜合性工作匯報；負責市政府年度重點工作（含為民辦實事項目）的目標分解和方案制定；負責市政府黨組落實全面從嚴治黨主體責任的服務保障工作，承擔市政府黨組會議和專題活動的組織安排、相關文稿起草、議定事項督促落實；分析經濟社會發展動態、形勢和趨勢，為市政府決策提供參考；組織協調全市政府系統的調查研究工作；協助組織或參與全市經濟社會發展重大問題的調查研究，提出政策性建議和咨詢意見；完成市政府主要領導同志和上級研究部門交辦的研究課題。
（四）綜合一科
根據市政府領導同志工作分工，負責發展改革、財政、稅務、審計、統計、自然資源、人力資源和社會保障、應急管理、國有資產管理、政務服務管理、行政審批、公共治理、公共資源交易、政務公開、糧食和物資儲備、機關事務管理、對接服務上海、金融、保險、政府債務風險化解、處置和打擊非法集資、對口支援等方面的文稿起草、文電會務和督查調研工作。
（五）綜合二科
根據市政府領導同志工作分工，負責辦理農業農村、民政、退役軍人事務、水利、供銷、扶貧、河長制、“菜籃子”工程、教育、文化、體育、廣電、旅游、衛生健康、醫療保障、地方志等方面的文稿起草、文電會務和督查調研工作。
（六）綜合三科
根據市政府領導同志工作分工，負責辦理生態環境、住房和城鄉建設、交通運輸、建筑業、城市創建、人防、防震、政府投資項目集中建設、司法、城管、信訪等方面的文稿起草、文電會務和督查調研工作。
（七）綜合四科
根據市政府領導同志工作分工，負責辦理工業經濟、民營經濟、項目建設、園區建設、科技人才、市場監督管理、知識產權、對外開放、招商引資、服務業、商務、口岸、商貿流通等方面的文稿起草、文電會務和督查調研工作。
（八）新聞與信息科
承擔全市政務新媒體發展的指導、協調、監督工作，擬定相關政策文件；指導全市政府系統新聞發布工作，負責市政府新聞發布活動的組織實施；聯絡有關新聞媒體；負責政府系統信息工作的組織、指導和協調；負責收集、處理、上報政務信息，完成上級布置的信息任務。
（九）政務公開科
承擔全市政務公開工作的指導、協調、監督工作，擬定相關政策文件；負責市政府及辦公室公開信息的維護和更新；組織市政府重要政策解讀和問答；負責編制市政府信息公開指南、公開制度、公開目錄和年度報告；負責對如皋政務公開平臺及其微信公眾號的管理和維護；具體承辦政府信息依申請公開。
（十）政策法規科
負責審核以市政府、市政府辦公室名義報送發布的公文和市政府簽署的各類法律文書；負責市政府、市政府辦公室文件的公開發布、解釋、整理匯編和清理規范工作；組織有關部門開展市政府文件實施后評估工作；負責辦理市政府領導交辦的其他涉法事項。
（十一）機關事務科（公共節能科）
負責機關事務管理工作相關制度、規定及辦法的調研、擬定工作，參與指導全市黨政機關事務管理工作；負責機關后勤服務中心配套服務項目的招標簽約、履約考核等監督管理；承擔全市公共機構節能推進、指導、協調、監督的具體工作；負責擬定市公共機構節能規劃、年度計劃并組織實施；負責組織市公共機構節能考核評價、監督檢查工作。
（十二）資產管理科
負責對市級機關國有資產實行統一管理；負責擬定市級機關國有資產統一管理的有關制度和管理規定并監督執行；負責市級機關國有資產產權界定、清查、登記工作；負責市級機關房地產產權申報及產籍管理工作；負責擬定全市黨政機關事業單位辦公用房管理規定、辦法并組織實施；負責市辦公用房清理工作領導小組辦公室的日常工作。
（十三）公車管理科
承擔市公車辦的日常工作；負責擬定全市公務用車管理有關制度和管理規定；負責對全市保留的公務用車、執法執勤車輛等進行統一調配使用，核定車輛報廢、更新及運行監管；負責對各部門公務用車制度執行情況進行督查考核；負責車改單位的車貼審核；做好公車服務中心配套服務單位的監督管理。
（十四）外事科
負責本市因公出國出境工作的歸口管理、協調服務和監督工作；負責辦理本市因公出國（境）任務審核、報批和護照（通行證）、簽證等手續，審核應邀來訪外國人的材料及報批工作；負責開展友好城市結對工作，指導本市民間對外交往工作，審核報批授予外國人榮譽稱號、名譽職務和給予重要獎勵等事項；負責組織接待來本市訪問的國賓、黨賓和其他重要外賓；參與接待和管理來本市進行采訪的外國記者；指導全市各部門、各單位的涉外禮賓接待工作；負責全市因公出訪團組的安全教育工作；負責處理或協助處理本市重大的涉外事務；做好無線電日常管理工作。
另按有關規定設立機關黨組織。