市農業農村局設下列內設機構：
（一）市委農辦綜合科（發展規劃科）。負責處理市委農辦日常事務；承擔綜合報告、新聞宣傳、重要文稿和指導“三農”工作重要文件的起草工作；組織開展以鄉村振興為重心的“三農”重大問題和政策調查研究，提出工作建議；承擔市委農村工作領導小組重要會議活動的協調保障和組織服務工作；研究起草以鄉村振興為重心的“三農”工作發展戰略、中長期發展規劃，提出實施的政策建議；承擔推動農業綠色發展有關工作；承擔推進構建多元化食物供給體系有關工作；組織農業資源區劃工作，指導現代農業園區建設；承擔協調督促檢查有關方面落實市委農村工作領導小組工作部署和要求等工作；牽頭推進鄉村振興戰略實績考核；組織開展鞏固拓展脫貧致富奔小康成果、推進鄉村振興有關重大部署和政策落實情況的監督檢查。
（二）辦公室。負責機關日常運轉，承擔文電、機要、檔案、保密、信訪、政務公開、建議提案辦理等工作；督促檢查有關重要工作部署和領導批辦交辦事項的落實情況；負責重要會議的組織協調；組織指導全市農民體育運動。
（三）人事科。承擔機關及所屬事業單位的干部人事、機構編制、勞動工資、教育培訓等工作；按照干部管理權限，承擔局系統招錄（聘）、流動、選拔任用、交流輪崗、職稱管理、崗位管理等工作；負責局管干部人事檔案管理工作；指導全市農業農村人才隊伍建設。
（四）法規科（行政服務科、執法監督科）。承擔有關文件合法性審查工作，組織行政應訴、普法宣傳等工作；組織開展農業農村領域行政審批事項的規范化管理；協調落實行政審批制度改革及權責清單管理工作；負責種子、肥料、農藥、獸藥、飼料、農機、漁業等有關行政審批事務；指導農業農村法治建設；承擔指導執法人員隊伍規范化建設，組織開展業務能力提升和文明規范執法培訓，負責本行業、本系統行政執法的監督管理工作等職責。
（五）計劃財務科（審計科）。提出扶持農業農村發展的財政政策和項目建議；提出農業投資規模、方向的建議并監督實施；編報部門預算并組織執行；研究提出財政銜接推進鄉村振興相關資金分配建議方案并指導、監督資金使用；參與農村金融、農業保險的政策制定；組織提出農業生產救災資金安排建議；協助做好農業補貼相關工作；指導監督局系統財務、國有資產和政府采購管理工作；負責原農村合作基金聯合會資產管理工作；負責內部審計工作，組織開展系統財政支農項目資金審計監督，指導全市農業系統內部審計工作。
（六）鄉村產業發展科。組織協調鄉村產業發展，推動延長農產品產業鏈，加強農業農村重大項目建設；牽頭“三黑三白”等特色產業發展；起草促進鄉村特色產業、農產品加工業、休閑農業發展的政策措施；研究提出促進農民增收的政策建議，協調推進農民增收有關工作；提出農業產業化經營發展的政策建議，推動農村一二三產業融合發展；指導和監測農業產業化重點龍頭企業發展；承擔指導開展農村創業工作。
（七）種植業管理科（園藝科）。起草種植業發展政策、規劃，做優做強稻米、黑塌菜等產業，推進綠色蔬菜基地建設；承擔指導糧食和園藝（果蔬、花木盆景、蠶桑等）生產、種植業結構和布局調整及標準化生產工作，推進糧油作物大面積單產提升，建設糧油高產優質片區，發布農情信息；承擔發展節水農業、設施農業、抗災救災、植物檢疫等有關工作；牽頭農作物事故調查處理；承擔肥料有關監督管理以及農藥生產、經營和質量監督管理工作，指導農藥科學合理使用；組織農作物重大病蟲害防治有關工作。
（八）市場與信息化科（對外交流合作科）。起草農業農村經濟信息體系建設規劃；提出大宗農產品市場體系建設建議；承擔農業品牌建設有關工作；組織開展農產品和農業生產資料供求、價格分析和監測預警；指導農產品營銷促銷工作；發布農業農村經濟信息，指導農業信息服務；承擔農業統計、農業農村信息化和數字鄉村發展有關工作；承擔農業對外合作交流工作，參與農業對外貿易和援助有關工作；按管理權限承擔農業利用外資項目的有關工作；承擔涉及臺灣地區及香港、澳門特別行政區有關農業事務；負責局系統涉外事務的組織、審核、報批。
（九）科技教育科（種業管理科）。管理農業科技成果，指導農業科研、技術引進、成果轉化和技術推廣工作，推動產業技術體系、農技推廣體系建設；監督管理農業轉基因生物安全；指導農用地、農業生物物種資源及農產品產地環境保護和管理；牽頭指導農村可再生能源開發利用、節能減排、農業清潔生產和生態循環農業建設；承擔外來物種管理相關工作；指導農業教育；牽頭高素質農民等“新農人”培育工作；起草農作物和畜禽種業發展政策、規劃；負責擬訂種業振興政策并組織實施；組織實施農作物種質資源、畜禽遺傳資源保護和管理；監督管理農作物種子、種苗；組織抗災救災和救災備荒種子的儲備、調撥；承擔農業植物新品種保護工作。
（十）政策與改革科（農村合作經濟指導科）。提出農業農村改革發展相關政策建議；提出鞏固完善農村基本經營制度的政策建議；承擔農民承包地改革和管理、農村集體產權制度改革工作，指導培育農村經營管理人才，指導發展壯大新型農村集體經濟、農村集體資產和財務管理、“鄉村合伙人”培育；負責農村產權交易市場的指導、協調和服務工作；指導農村土地承包經營糾紛調解和仲裁工作；承擔全面深化農村改革和農村改革試驗區建設管理工作；推進農業社會化服務體系建設；指導農民合作經濟組織建設；指導發展農村新型農業經營主體和多種形式適度規模經營；承擔農村宅基地改革和管理有關工作，指導宅基地分配、使用、流轉、糾紛仲裁管理和宅基地合理布局、用地標準、違法用地查處，指導閑置宅基地和閑置農房利用；負責農經統計有關工作；負責指導農村集體經濟組織成員身份確認。
（十一）鄉村建設促進科（農村社會事業促進科）。協調推進鄉村建設行動，宜居宜業和美鄉村和片區建設；推動農村基礎設施、公共設施建設和運行管護；負責牽頭組織改善農村人居環境，組織開展農村廁所革命；統籌指導村莊整治、村容村貌提升；健全農民參與鄉村建設機制；參與推進鄉村治理體系建設，承擔統籌協調推動農村社會事業發展、公共服務體系建設工作；監督減輕農民負擔和村民“一事一議”籌資籌勞管理；推動農村文化發展和移風易俗，指導農村精神文明和優秀農耕文化建設。
（十二）幫促指導科（區域發展促進科）。牽頭研究起草幫促政策措施和產業規劃，指導幫促項目實施，做好幫扶資產后續管理工作；承擔鄉村幫扶特色產業發展有關工作；協調推動低收入人口就業，指導開展有關技能培訓；配合推進經濟薄弱地區義務教育、基本醫療、住房安全和飲水安全保障工作；承擔農村低收入人口常態化幫促有關工作；指導農業區域協調發展；負責“五方掛鉤”落實工作，配合協調省委駐縣（市、區）鄉村振興（幫促）工作隊選派管理，參與協調駐村第一書記選派管理；推動革命老區幫促和鄉村發展；動員社會力量參與鞏固拓展脫貧致富奔小康成果和推進鄉村振興；承擔經濟薄弱地區常態化幫促有關工作。
（十三）農田建設管理科。提出農田建設項目需求建議；承擔高標準農田建設管理、建后管護督查、績效評價等有關工作；提出農田建設監督評價指標，擬訂農田建設技術標準和規范；承擔農業綜合開發項目、農田整治項目、農田水利建設項目管理工作。
（十四）耕地質量科。承擔耕地質量管理相關工作；擬訂全市灘涂農業圍墾開發項目的中長期規劃和年度計劃，對農業圍墾開發項目實施行業管理；承擔指導新增耕地質量鑒定工作；參與開展永久基本農田保護；牽頭劃定農業產品禁止生產區域。
（十五）畜牧獸醫科（重大動物疫病防控辦公室）。起草畜牧業、飼料業、畜禽屠宰行業、獸醫事業發展政策和規劃；指導畜牧業結構調整；推動黑豬產業化發展；指導畜禽糞污資源化利用；監督管理飼料及其添加劑、生鮮乳生產收購環節質量安全；監督管理獸醫醫政、獸藥及獸醫器械；組織實施動物防疫檢疫；組織開展重大動物疫情應急響應，指導重大動物疫病應急處置工作；負責畜禽屠宰行業管理和行業統計。
（十六）漁業漁政科（退捕禁捕科）。起草漁業發展政策、規劃，推進黑魚、金魚等水產養殖產業發展；保護和合理開發利用漁業資源，指導水產健康養殖和水產品加工流通，組織水生動植物病害防控；組織漁業水域生態環境及水生野生動植物保護；指導漁政漁港監督、漁業船舶管理等工作；組織實施涉外漁業協定，協助重大涉外漁業事件處置工作；負責漁業安全生產監督管理、防災減災工作；協調處理長江等水域的漁業安全搜救工作和漁業安全重大突發事件；牽頭漁業事故調查處理；承擔漁業船舶檢驗和監督管理職責；承擔禁捕退捕相關政策制定、統籌協調、監督指導工作。
（十七）農機管理科（農機裝備科）。起草全市農業機械化發展政策和規劃并組織實施；組織實施農機作業規范和技術標準；組織實施農機購置補貼和農機具報廢更新；組織農機安全監理；負責農機安全生產監督管理工作，指導農機作業安全生產；牽頭農機事故調查處理；組織農業機械展示展覽和業務交流；承擔農業機械化技術、特色農機、智慧農機和裝備發展工作；提出農機裝備的技術規范和發展要求；組織種植業、養殖業和設施農業的機械化技術創新和推廣應用；組織實施秸稈機械化還田作業補助政策。
（十八）農產品質量安全監管科。組織實施農產品質量安全監督管理有關工作；推進農產品質量安全監管體系、檢驗檢測體系和信用體系建設；承擔農產品質量安全標準、監測、追溯、風險評估等相關工作；承擔農產品質量安全突發事件應急處置具體工作。
（十九）安全生產監管科。牽頭擬定本部門、本行業落實安全生產責任制和相關法律法規的工作規劃；牽頭農業防災減災工作；負責本部門、本行業安全生產綜合監管工作；組織開展本部門、本行業安全檢查和專項檢查；參與各類安全生產事故調查工作；綜合協調本部門、本行業安全生產工作等。
直屬機關黨委。負責機關及所屬單位黨群工作（含意識形態）。
老干部科。負責離退休干部工作。