（一）辦公室（政策法規科）。負責機關日常運轉，承擔全局性會議組織、重要文件起草、文電處理、文書檔案管理、辦公自動化建設等工作；承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開等工作；承擔機關并指導所屬事業單位的資產管理、接待等工作；承擔機關及所屬事業單位的干部人事、機構編制、勞動工資、教育培訓、日?？己说裙ぷ鳎回撠熾x退休干部工作；負責機關及所屬事業單位經費預決算工作，負責機關并指導監督所屬事業單位財務管理、資產帳務管理工作；承擔規范性文件的合法性審查，承擔行政執法監督、行政復議、行政應訴等工作，負責協調各級科技支持政策的落實與宣傳工作；組織科技政策的培訓工作；承擔科技監督評價體系建設和科技評估管理相關工作；組織開展科研誠信建設工作。
（二）高新技術科。擬訂全市科技創新發展戰略、高新技術發展及其產業化的計劃和政策并組織實施；組織開展相關領域技術發展需求分析，編制和組織實施市工業類科技計劃，負責國家和省市產業創新科技計劃項目組織推薦和協助管理工作，銜接省重點研發計劃（產業前瞻與共性關鍵技術），推動關鍵核心技術攻關；指導高新技術特色產業基地建設；負責科技企業孵化器及眾創空間管理工作，銜接省科技產業園、加速器和孵化器建設；負責高新技術企業、技術先進型服務企業、科技創新型企業、民營科技企業的組織申報和管理工作，組織實施科技型創業企業孵育計劃，負責高新技術企業培育、企業創新梯隊培育；推動科技創新創業投融資體系建設，承擔推動科技與金融結合相關工作；牽頭組織設立制造業產業技術創新戰略聯盟；負責民營科技企業的政策指導、統計調查；負責推進全市重點產業發展工作；負責協調科技軍民融合發展相關工作，聯系產業安全生產工作；牽頭做好市科技重點工作綜合考核及全市科技進步考核工作。
（三）科研機構科（區域創新科）。負責編制和組織實施市科技基礎設施、平臺建設計劃及技術創新中心等創新能力建設計劃，負責國家和省市相關科技計劃項目的組織推薦和協助管理工作；負責高層次科研院所引進工作；負責研發型企業指導與服務工作；指導推進新型研發機構建設；擬訂科技服務業發展規劃和政策；承擔全市技術轉移體系工作，推進科技資源開放共享，推動科技服務業、技術市場和科技中介組織發展，負責技術合同認定登記有關工作；負責全市大眾創業萬眾創新工作；負責全市科技創新機構建設考核工作；負責推進區域創新和國家創新型城市建設工作，負責創新型鄉鎮建設的指導等管理工作；負責市高新技術產業開發區建設指導管理和協調服務；負責擬訂產學研協同創新計劃和政策，組織全市性產學研對接活動，推動企業與高校院所開展產學研合作；牽頭推進市科創中心建設；負責科研技術裝備、實驗動物管理工作；依據相關法律法規開展科技行政執法工作。
（四）科技成果科(市外國專家局)。負責擬訂科技成果產業化及產業技術創新、科技知識產權創造政策措施、舉措，負責省級及以上重大科技成果轉化專項資金項目計劃的組織推薦和協助管理工作；負責全市科學技術獎勵、外國專家獎勵及社會力量設立科學技術獎等管理工作，擬訂科技成果登記、評價、獎勵、保密、推廣的管理辦法并組織實施；負責南通市科技興市功臣的組織與申報工作；負責科技社團、科技行業協會等相關管理工作；負責科技人才隊伍建設工作；負責綜合管理全市引進國外智力和外國專家工作，擬訂引進國外智力和外國專家的規劃、政策、計劃并組織實施；擬訂出國（境）培訓規劃、政策和年度計劃并監督實施；組織實施重點出國（境）項目；承擔外國人來我市工作、外國高端人才資質管理和服務保障；擬訂國際科技合作、科技交流及創新能力開放合作的規劃、政策和措施并推動落實，編制和組織實施市國際科技合作計劃；組織開展國際技術轉移和引進國外智力成果示范推廣工作；承辦涉港澳臺科技合作與交流事宜，負責對外科技宣傳工作；指導國際合作基地和外資研發機構建設；承擔科技安全和科技保密相關工作。
（五）農村科技與社會發展科。擬訂和組織實施科技促進農業農村、社會發展的規劃和政策，編制和組織實施市農業、社會發展類科技計劃，負責國家和省市對應的科技計劃項目組織推薦和協助管理工作，推動重大關鍵技術攻關；組織實施現代農業科技創新工作，指導農業科技載體和農業科技示范推廣基地建設;指導農業科技特色產業培育，指導全市科學普及工作；負責科技特派員、科技扶貧工作，推動農業、農村科技進步和農村科技社會化服務體系建設；推動綠色技術創新，開展科技應對氣候變化工作；組織實施涉及資源環境、人口健康、公共安全、可持續發展綜合實驗區以及其他社會事業領域的科技工作；擬訂基礎研究計劃和政策，組織申報國家、省基礎研究（自然科學基金）計劃。
另按有關規定設立機關黨組織。