（一）辦公室。負責機關日常運轉，承擔信息、保密、信訪、檔案、資產管理、政務公開等工作；組織開展交通運輸行業有關政策研究；承擔重要文件與重要會議文稿的起草工作；組織擬訂交通運輸政策和規范性文件；牽頭組織指導交通運輸行業信用管理；指導交通運輸行業體制改革和隊伍建設；負責機關及所屬事業單位的干部人事、機構編制和勞動工資等工作；承擔機關及所屬事業單位并指導交通運輸行業人才、職稱、職業資格和技能鑒定工作；承辦機關及所屬單位出國（境）報批和政審工作；承擔交通系統黨組織設置和黨員發展、教育、管理、監督等工作；負責機關和指導所屬單位思想政治、新聞宣傳、精神文明建設和教育培訓等工作；牽頭組織典型培樹和品牌建設等工作；負責離退休干部工作。
（二）法規科（行政服務科）。承擔規范性文件的合法性審查，承擔行政執法監督、行政復議、行政應訴等工作；指導交通執法隊伍建設，組織開展法制宣傳教育；承擔全市交通運輸綜合行政執法的協調管理工作；承擔公路、航道、港口、海事、運輸管理、建設管理、質量監督等交通運輸行政許可工作，并限時辦結；組織實施市級交通運輸行政許可統一受理、統一審批、統一送達工作；負責指導推進全市交通運輸“放管服”改革工作。
（三）財務審計科。指導交通運輸行業財務、會計和審計工作；參與擬訂交通運輸發展的資金籌集政策；提出有關財政、價格等政策建議；負責組織編報部門預決算；承擔交通運輸資金的申請、撥付、監管及會計核算工作；組織機關及所屬事業單位開展內部審計并完善內部控制機制；指導交通運輸行業規費征管工作；指導所屬企業擬訂中長期發展戰略、產業布局規劃并監督實施；負責審查所屬企業的融資方案，指導監督國有資產管理和保值增值；指導所屬企業產權制度改革、資產重組以及關、停、并、轉等工作；協調處理企業改革發展中重大問題；負責所屬企業負責人薪酬制度管理、實施和監督；聯系交通改制企業。
（四）工程建設管理科（市國防動員委員會交通戰備辦公室）。組織擬訂全市綜合交通運輸體系規劃和公路、航道、港口等發展規劃；參與擬訂鐵路規劃；組織擬訂城市客運發展規劃，參與城市客運有關設施的規劃；組織擬訂交通運輸樞紐規劃；指導相關專項規劃編制；擬訂交通運輸行業發展戰略、投資政策，參與擬訂交通運輸行業籌融資政策；組織擬訂公路、航道、港口等建設的投資計劃；負責交通運輸行業統計分析和信息發布工作；承擔交通運輸利用外資和對外交流合作工作；組織擬訂交通運輸行業科技與信息化發展戰略、規劃和計劃；組織實施交通運輸行業重大科技項目攻關、創新技術引進開發和科技成果管理；指導協調交通運輸行業信息化項目建設與管理；組織并指導交通運輸行業標準計量、知識產權、技術交流、行業創新體系建設工作；指導并監督交通運輸行業質量、技術工作；承擔交通工程建設項目前期管理工作；組織編制有關交通工程建設項目的項目建議書、可行性研究報告，負責組織初步設計、項目概算文件的編制和報批等前期工作；組織做好專項評估工作；統籌推進市級交通重大項目，負責建設項目實施過程的組織、協調；組織有關交通工程建設項目交工驗收，參與竣工驗收；統籌交通項目區域協調工作；擬訂交通工程建設質量發展目標和政策并組織實施；承擔并指導交通建設市場監管，監督管理交通運輸行業和產業項目招標投標工作；承擔公路、水路建設、運營和維護的行業管理工作，負責交通建設工程實施階段程序管理；組織和指導交通建設工程設計、施工、監理、定額造價、試驗檢測的監督管理；負責交通建設市場主體的資質資格管理；組織對優質工程進行質量指導；承擔交通建設市場主體的信用管理；依法處理交通建設過程中利益關系人的投訴；負責全市國防交通戰備動員工作。
（五）安全監督科（應急辦公室）。組織擬訂并監督實施公路、水路和港口安全生產政策和應急預案；負責公路、水路和港口安全生產綜合監督；負責有關安全生產和應急處置體系建設，監督所屬單位安全生產監管工作；負責港口設施保安履約管理工作；依法組織或參與有關事故調查處理工作，監督事故查處的落實情況；承擔公路、水路和港口突發公共事件應急管理工作。
（六）鐵路科。負責編制全市鐵路建設的中長期規劃和年度計劃并組織實施；貫徹執行國家和省市有關鐵路建設的方針、政策、法規，結合我市實際制定配套措施；組織協調全市鐵路建設項目的申報立項、勘測、設計等前期工作；配合項目建設單位組織征地搬遷，協調解決鐵路建設的有關問題；負責根據地方經濟社會發展需要，爭取鐵路客運班次停靠，以及貨運站場開通與擴建等事項；負責對鐵路及相關工程質量保障體系進行監督檢查；負責火車站站前廣場衛生環境、秩序管理；負責鐵路護路聯防工作，對全市鐵路安全管理實施督查；承辦市鐵路辦交辦的其他事項。
（七）港口科。負責全市沿江及內河港口發展、改革、管理工作；擬訂全市港口發展政策和管理制度，統籌推進現代化港口體系建設和港口資源利用研究；負責全市港口岸線、陸域、水域管理和經營市場秩序監管；負責指導航道、錨地、過駁區等公用基礎設施管理工作；負責港口對外合作及港際交流。
（八）運輸管理科（生態環保科）。負責全市道路、水路、城市客運發展和管理工作；負責客運樞紐的建設和管理；承擔公共汽車、城市軌道交通運營、出租汽車、城際客運、客運站、水路客運等行業管理工作，指導綜合運輸體系建設；負責道路、水路、城市客運行業信用管理工作；負責擬訂全市貨物運輸及交通物流業發展戰略、規劃、政策、標準并監督實施；負責交通物流市場管理工作；承擔道路、水路貨運、貨運站、機動車維修、機動車駕駛員培訓、營運車輛綜合性能檢測、汽車租賃、運輸服務業等行業管理工作；負責交通運輸從業人員資格管理工作；負責道路運輸車輛技術管理工作；負責機動車維修質量糾紛調解工作；負責道路、水路貨運、機動車維修、機動車駕駛員培訓、營運車輛綜合性能檢測等行業信用管理工作；負責交通運輸行業生態環保工作的政策制定、統籌協調和督促檢查；指導和推進交通運輸行業污染防治工作；指導并監督交通運輸行業節能減排、新能源或清潔能源推廣使用工作；依法組織或參與環境污染事件調查處理工作。
另按有關規定設立機關黨組織。