一、辦公室
負責處理機關行政事務和系統黨建、組織、宣傳、教育工作。負責政務信息收集整理、公開工作，負責機關網站的內容更新管理工作；負責文稿起草、審核、收發，組織起草重大綜合性報告和總結材料；負責電話接轉、上傳下達，文件、報刊征訂、收發，來人接待和總務、后勤服務管理；負責計算機信息保密管理工作；協同開展新聞宣傳、輿論工作；協調辦理人大代表、政協委員提案、人民來信來訪和市長公開電話工作；承辦系統內干部的考察、任免、調配、人事關系的接轉；負責離退休干部、軍轉干部管理服務工作；負責勞動人事、政策性安置、人才錄用、勞動工資、社會保障、文書、人事檔案管理工作；組織開展思想政治工作、精神文明建設工作；組織承辦機關、事業單位工作人員年度考核、評比、獎懲。建立和配備工、青、婦等群團組織，按照各自的章程和有關規定開展工作。
二、財務資產科
負責所屬單位財務和資產管理工作。負責系統的財務指導、協調、服務、管理和監督；負責編制機關收支預算和政府下達費用的收繳；負責全系統會計、統計報表的匯總和財務、統計分析工作；負責全系統企業計劃的下達、考核和財務負責人的管理；負責社員股金的清理、整頓和管理工作；負責社有資產管理辦法的制定和保值增值的管理考核工作，建立臺帳和報表制度，進行動態和靜態的監督管理；負責社有資產的經營工作，承辦資產評估、重組、轉讓的有關事項；加強與有關部門的聯系，協調社有資產經營管理中的有關事務。
三、監察審計科
負責所屬單位的紀檢、監察、審計和來信來訪工作。負責本系統黨員干部黨紀、政紀、法紀教育；按照法律、法規、政策做好系統內違法、違紀案件的查處工作；指導全系統學法、用法、守法，開展警示教育，加強行風建設；負責系統內部財務審計、企業負責人任期及離任審計、改制清盤審計和政府指定的專項審計；協調政法和政府相關部門關系，依法維護供銷社合法權益。
四、市場指導科
負責全系統的為農服務工作，積極參與社會主義新農村建設。發揮主渠道作用，指導相關企業積極做好農藥、化肥和種子的供應工作，協助凈化農業投入品市場；負責構建農村現代連鎖經營服務網絡，負責農村電商的宣傳、推廣工作，對相關企業興辦為農綜合服務社進行指導、協調和服務；負責指導農民合作經濟組織和農副產品生產基地的建設，培育壯大龍頭企業，擴大農副產品購銷，參與推動農業產業化，提供有關信息服務；及時向政府反映農村情況，提出為農服務政策建議。
五、綜合管理科（掛“集體商業管理辦公室”牌子）
負責所屬企業改革和開放辦社的指導工作，提供政策協調服務；負責全系統煙花爆竹、再生資源等經營業務的政策研究和協調管理；負責系統內工業企業技改、新產品開發，指導企業抓好產品質量、計量設備、環保、節能等管理；負責系統內企業安全生產、保險、創建、考核評比、綜合治理工作；負責全系統外經、外貿、招商引資的組織協調及項目立項核批上報工作；負責“千人聯千企”、“新網工程”、統計等工作；負責系統內集體商業的指導、協調、監督和管理工作。