市財政局負責貫徹落實中央關于財政和國有資產監督管理工作的方針政策和省委、南通市委、如皋市委的決策部署，在履行職責過程中堅持和加強黨對財政工作的集中統一領導。主要職責是：
（一）貫徹和執行國家、省和南通市財政方針政策和改革方案。分析預測財政經濟形勢，研究提出運用財稅政策推進高質量發展、綜合平衡社會財力、促進區域協調發展和推進基本公共服務均等化等方面建議。研究提出社會收入分配政策建議，完善鼓勵公益事業發展的財稅政策。
（二）執行國家財政、財務、政府采購、會計、國有資產管理等方面的法律、法規、規章及制度，結合本市實際提出實施意見，并組織實施。改革完善市、鎮財政管理體制，指導鎮（區、街道）財政部門開展財政管理工作。
（三）負責市級各項財政收支管理。編制年度市級預決算草案并組織執行；受市政府委托向市人民代表大會及其常務委員會報告市級年度預算、執行和決算等情況。組織制定機關事業單位經費開支標準、定額，審核批復市級部門（單位）的年度預決算。負責政府性基金預算編制和管理工作。組織實施預決算公開工作。
（四）組織實施預算績效管理。研究建立全方位、全過程、全覆蓋的預算績效管理體系。負責擬訂預算績效管理工作的有關制度和實施辦法。組織開展市級預算績效管理工作。
（五）負責政府非稅收入管理。貫徹執行上級非稅收入政策，擬訂全市非稅收入管理制度，按規定管理政府性基金、行政事業性收費和其他非稅收入。負責政府性基金預算編制和管理工作。管理財政票據。協助監管彩票市場，按規定管理彩票公益金。參與國有土地、長江岸線、礦產等國有資源使用政策的研究和制度改革。參與住房保障政策研究，管理住房改革預算資金。參與治理亂收費、減輕企業和農民負擔工作。
（六）擬訂并組織實施國庫管理制度、國庫集中收付制度，指導和監督國庫市支庫業務工作，按規定開展國庫現金管理工作。組織編制政府財務報告。承擔政府采購制度的制定、執行和監督管理。
（七）承擔地方政府債務管理工作。貫徹執行上級政府債務管理政策和制度，擬訂本市政府債務管理制度。負責政府債務余額限額管理。防范化解政府隱性債務風險。承擔國外貸款管理有關工作。
（八）研究提出和組織實施促進產業結構調整的財政政策。擬訂鼓勵地方金融業發展和引導金融支持實體經濟的財政政策并組織實施。負責辦理和監督市級財政經濟發展支出財政撥款。承擔全市政府與社會資本合作管理工作。承擔市級政府投資基金管理工作，負責政府投資基金市級財政出資的資產管理。指導全市企業執行企業財務制度。
（九）參與擬訂政府投資建設項目有關政策。管理市級財政基本建設支出，負責政府投資項目監管；監督執行基本建設財務管理制度。參與擬訂自然資源和生態環境領域發展規劃和政策；參與市級城市建設項目庫的建設。
（十）參與擬訂支持行政政法、教科文等改革與發展的財政政策。擬訂行政事業性經費財務管理制度，監督執行行政事業單位財務會計制度。制定需要統一規定的開支標準和支出政策。組織開展市級行政事業單位國有資產管理工作。
（十一）參與擬訂有關社會保障政策。負責審核和匯總編制全市社會保險基金預決算草案，擬訂和執行社會保障資金（基金）財務管理制度，承擔社會保障資金（基金）財政監管工作。
（十二）參與擬訂財政支持農業農村發展和農村綜合改革政策并負責相關資金管理。執行財政支農資金管理制度，承擔財政支持實施鄉村振興戰略相關工作。
（十三）依法管理全市會計工作。監督和規范會計行為，組織實施國家統一的會計制度。協助做好全市注冊會計師和會計事務所監督管理。
（十四）承擔財稅法律法規、規章和政策執行情況、預算管理有關監督工作，反映財政收支管理中的重大問題，提出加強財政管理的政策建議，依法處理財政違紀違規行為。
（十五）制定財政科學研究和教育規劃。組織財政人才培訓。負責財政信息化建設和財政信息宣傳工作。
（十六）完成市委、市政府交辦的其他任務。
（十七）職能轉變。
1.強化財政經濟形勢分析，建立健全重大問題研究和政策儲備工作機制，提升財政經濟監測預測預警能力。
2.深化財稅體制改革。加快建立現代財政制度，完善轉移支付制度，優化支出結構，全面實施績效管理，建立全面規范透明、標準科學、約束有力的預算制度。推進財政事權和支出責任劃分改革，建立權責清晰、財力協調的市鎮（區、街道）財政關系。全面推行政府性基金和行政事業性收費清單管理，完善監督制度。落實國家、省、南通市深化稅收制度改革部署，建立規范、穩定、可持續的地方稅體系。
3.防范化解地方政府債務風險。規范舉債融資機制，構建“閉環”管理體系，嚴控法定限額內債務風險，著力防控隱性債務風險，督促鎮（區、街道）有效落實隱性債務化解方案，牢牢守住不發生系統性風險的底線。